Os Mapas Conceituais consistem na representação gráfica de determinado domínio do conhecimento, referenciados na Teoria da Aprendizagem.  Neste trabalho relata-se uma experiência de aplicação de Mapas Conceituais como ferramenta complementadora do processo de ensino-aprendizagem na disciplina de Biologia Celular, entre os anos de 2014 e 2017. Os resultados apresentam contribuições de estudantes, monitores e docentes para aprimoramento o uso dos Mapas Conceituais. Consideramos que a metodologia apresenta potencial para reprodução em diversos níveis e áreas de ensino, em disciplinas desafiadoras.